比較的マリオ本編にでてくるやつが多い
マリオストーリー敵サイド
クリボー
- 元キノコ王国住民
- いつもの裏切り者
- 今作は頭突きという攻撃手段を編み出した
- アクションのマリオをガンメタしているトゲクリボー、とんでる
ハネクリボーパタクリボーが登場した - 他に地下にはやみクリボー、ピューピューヒルにチャージするハイパークリボーがいる
- ボスキャラに王様になりたくてスターの杖で願いをかなえてもらった専用BGMもついてるクリキングがいる。
- 手下にクリレッド、クリブルーがいる
ノコノコ
- いつものカメよりもヤドカリに近い生き物
- ノコノコは赤コウラにグラサンでキメている
- 目まわしを操るヤミノコノコがいる
- ノコノコが戦果を挙げるとトゲ付きヨロイが支給され、トゲノコになれるらしい
- ゼニノコーはノコノコ村に住んでいたが住人ともめたらしい
- わかりにくいがコワッパもノコノコらしい
ボム兵
- ノコブロスのとりでにいる
- ノコブロスが来る前にとりでに住んでいたがノコブロスが来てこき下ろすようになった
- 一部の住民はノコノコ村にくる
- バクハツされると痛いのでカメキでとどめを
キラー、キラー大砲
- いつものとっこうやろうと生き物なのか機械なのか謎な生物
- ノコブロスのとりでの守りの要？
- ３台並んでおり、飛んでくるキラーにはせんせいこうげき判定がある。うまくかわそう
- マリオストーリーでは珍しい「敵が６体いる」状態になる
- BGMはマリオ３の飛行船のアレンジ
- ラスダンできんぴか上位種のスーパーキラーと大砲が登場する。
- こちらは通常戦闘だがものすごく逃げづらいので倒さなくてはいけない
シンエモン
- オリキャラ、初見殺し
- 着いた段階ではマリオの攻撃は通らず、爆発かパレッタシュートしか通らない
- 上位種であるハイパーシンエモンは屈指の戦闘力を持つので相手にしないのもあり
- アイテムを使うか逃げるのも手
チョロプー
- いつものモグラ
- ヤッツケスピンで石ころを弾き飛ばせる
- 後半にてフラワーチョロプーなる上位種が出てくる（ハンマー投げ特攻）
ボロドー
- ヨッシーアイランドより登場の泥棒
- とうぞく、コインを盗む。ガードするとショボくれてなんとも言えない効果音が鳴る
- 索敵範囲が広く、足も速い。
サンボ
- サボテンのお化け
- ミイラのサンボマミーがいる
- サボテンのミイラは不自然だったのか次回作ではドクサンボとなっている
- 一部料理の材料であるカラカラのみはサンボドロップである
メット
- いつもの強化クリボー
- アラビン遺跡にいる
- トゲメットは地下で登場
- 影が薄い
- 鍛錬したキノピオに負ける
ワンワン
- 無敵だったり、ハンマーマリオのハンマーじゃないと倒せないが普通にダメージは通る
- 今作はカーメンのしもべとして登場
- カーメンをあまりよくおもっていないらしい
- 下位種のストーンワンワンもいる
パックンフラワー
- ソプラノ声の食人植物、踏めない
- 地中を移動して攻撃できる
- 毒を吐くポイズンパックン、寒冷地仕様のアイスパックンがいる
チョロボン
- オリキャラではなく、リフトなどにいる障害物
- ノコノコの甲羅を奪ったり上位種が２種類いたり分裂したり忙しい
ガボン
- ドガボン城兵隊
- シューリンガンを吐き出して攻撃してきたヤツだが似てない
- 棍棒の火力はなかなか
- 上位種のホワイトガボンは連続攻撃もしてくる
- ドガボン城兵隊がなぜクッパ城にいたのかは不明（新人だろうか？）
ヘイホー
- いつものシャイガイ
- 年齢が低いらしい
- ヘイホー騒動の前にも少数がキノコタウンにきていたらしい
- ブラックヘイホーはアメちゃんでわからせたほうがいい
- ファイアーヘイホー、レスキューヘイホー、コマンドヘイホー、バルーンヘイホー、トーテムヘイホー、たけうまヘイホー、ヤリダンサーともどもなぜか次回作以降出番がない
カンテラくん
- ヨッシーアイランドの雑魚敵だが中ボス
ピロリン草ダマシ、ギタイ草
- ジャンボル島固有種
バブル
- オリキャラ？
- 火の玉
- 上位種に叩けばふえるエルモスがいる
ファイアバー
- いつもの炎でグルグル回ってるアイツ
- なわなわぴょんぴょんしてれば倒せる
パンジーさん
- ヨッシーアイランドの雑魚敵
- ガードしづらくなかなかエグイ攻撃でへたすると嵌められる。HPをへらすと逃げる
- きらめくパンジーさんはもはや有名だが、攻めにはいるとラスボスと同値の最強の攻撃を仕掛けてくるのでHPには注意
ハッチ―
- オリキャラの蜂…
- 低耐久アタッカー
ジュゲム
- いつもの寿限無
- 投げたパイポはトゲゾーに
クモクモーン
- オリキャラの雲のお化け
- オズモーンの子分
バケバケ
- オリキャラ
- 仲間に化けてくる
- 次回作で重要敵キャラに
ハンマーブロス
- いつもの強敵
- おそらくトゲノコより階級は高いらしい
カメック
- エリート魔法使い
- カラーカメックは杖で殴ったりしてくる
ホネメット
- マリオワールドより
- 嫌らしいが主に場所が嫌らしい
カロン
- マリオワールドから
- 骨になったノコノコ
- バクハツが特攻なのでスーパーばくはつしよう
ゲッソー
- いつものイカ
- 空中ゲッソーである
ノコブロス
- ノコノコ村に住んでいた４人組
- 刺激を求めているらしい
- ゼニノコーと喧嘩していたが負けていたらしい
- 種族はノコノコ
カーメン
- アラビン遺跡を乗っ取ったやつ
- カメ族
ドガボン
- 心臓を摘出してふじみと化していた
- テレサにびっくりさせられるが心臓がないからびっくりするための心臓がない
- 種族はガボン
しょうぐんヘイホー
- 遊び場であるおもちゃばこ（と星の精）をまもるために戦う
ファイアパックン
- 火山に住み着いてマリオを迎え撃つ
オズモーン
- クモクモマシーンで雲を増やすために行動する
- パレードでヨッシーに食べられて小さくなったことからクモガシの近縁なのかも…
パラレラー
- 種族は不明…
種族不明
コワッパ
- マリスト名物、趣味は通信教育
- キノコワールドでは特訓すれば羽根を生やしたり魔法も覚えられるのだろうか…
- 顔の形からノコノコ＝カメ族説がある
ゲーハー
- ハゲタカだがマリオキャラに鳥のキャラがいないので種族は不明
ドガボン城の警備兵
ゆーほーくん- UFOみたいなアイツ、名前不明
- よく見ると橋をぶっ壊した時に巻き添えになっている
まほうの鍵
- 世にも珍しい喋るカギ。キーマン？アカズキーちゃんかな？
ゴックン
- 石を吐き出し攻撃する謎生物
セキゾー
- クリスター神殿の仕掛けのアイツ
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